Alors que Tokyo est envahie par des créatures amatrices de chair fraîche à l'apparence humaine, Ken, mi-homme mi-goule se retrouve coincé entre deux mondes.
Un étudiant ordinaire rencontre une jeune fille partageant sa passion pour la lecture, mais leur premier rendez-vous se termine en tragédie.
Après avoir retrouvé Hide, Kaneki s'inquiète pour la sécurité de son ami alors que son envie de chair humaine devient incontrôlable.
Après avoir appris à se mélanger aux humains, Kaneki doit gérer l'arrivée de deux enquêteurs dans le 20e arrondissement.
Tsukiyama, une connaissance de Rize aimant lire et appréciant les plaisirs de la vie, se lie d'amitié avec Kaneki.
Kaneki rend visite à Touka, souffrante, tandis que Tsukiyama reste obnubilé par Kaneki.
Maintenant que Kimi sait que Nishiki et Kaneki sont des goules, Touka veut en finir avec elle. Ne pouvant voir son père, Hinami perd la raison.
Touka décide de prendre les choses en main avec les enquêteurs, tandis que Kaneki, tout aussi excédé, envisage de lui venir en aide.
Lancés à la recherche d'Hinami, Touka et Kaneki tombent nez à nez avec Amon et Mado qui leur réservent quelques surprises.
Tentant de retrouver une vie normale, Hinami emménage avec Touka, tandis que Kaneki cherche à en savoir plus sur Rize.
Les bureaux du CCG subissent l'attaque des goules, et Kaneki est enlevé par des membres d'Aogiri Tree, un nouveau groupe d'ennemis diaboliques.
Pendant que Yamori torture son prisonnier, Kaneki, la police et le CCG s'occupent des Aogiri Tree qui ont élu domicile dans un centre commercial.
Tandis que Yamori continue à torturer Kaneki, Rize réapparaît, et Kaneki est contraint de faire un choix ayant d'importantes conséquences.